Entlang der Mulde erstrecken sich neben einem Naturschutzgebiet auch ein FFH-Gebiet und ein Vogelschutz-Gebiet. Der Fluss ist in vielen Bereichen noch sehr naturnah und bietet deshalb vielen schützenswerten Tieren einen Lebensraum.
Als Beispiel für einen solchen Lebensraum kann Totholz genannt werden, das an den Ufern in das Wasser hineinragt oder sogar im Flussbett liegt. Es bildet dort ein Hindernis für die Strömung, weshalb Sand und andere Sedimente abgelagert werden. Diese Sandbänke oder Kiesinseln sind ein wichtiger Brutplatz für Wasservögel. Liegen sie unter Wasser, können dort verschiedene Fischarten ihre Eier ablegen.
Diese Hindernisse in Flüssen beeinträchtigen in anderen Gebieten Deutschlands den Schiffsverkehr und werden daher nicht geduldet. Aus diesem Grund ist die Mulde auch überregional ein besonderer Fluss, der entsprechenden Schutz benötigt.
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